V devadesátých letech došlo k velké modernizaci strakonického pivovaru. V roce 1999 pak mohl pivovar oslavit úctyhodné 350.výročí svého vzniku. Zajímavý je i sortiment zlatého moku, v současnosti pivovar vyrábí například žádané druhy piv 8° světlý Nektar, 9° Silver, 10° světlý Nektar Gold, 10° tmavý Nektar, 11° světlý ležák Nektar a 12° světlý ležák Strakonický Dudák. Několik století výroby piv prokázalo, že chuť strakonického piva si lidé nedokáží odepřít, je velmi výrazná a oblíbená.
Od 1. 1. 2005 je majitelem a pronajímatelem strakonického pivovaru Město Strakonice a jeho nájemcem obchodní společnost Měšťanský pivovar Strakonice, a.s.. Tento fakt staví pivovar do pozice skutečného posledního měšťanského pivovaru v České republice.
Rok 2011 je pro strakonický pivovar rokem změn. Přináší nejen změnu názvu na DUDÁK - Měšťanský pivovar Strakonice, ale znamená také obměnu pivních etiket, korunek a do sortimentu pivovaru přibyl Sklepák, nefiltrovaný jedenáctistupňový ležák v 1,5 litrové PET lahvi.
